摘要：实验采用平板分离及16S r DNA序列分析法研究池塘养殖和海上吊笼养殖仿刺参（Apostichopus japonicus）的前肠、中肠和后肠菌群结构并进行对比分析.结果显示,从海上吊笼养殖的仿刺参的肠道内分离鉴定的240株菌株分属于3个门、11个属和34个种.从池塘养殖仿刺参的肠道内分离鉴定的211株菌株分属于3个门、11个属和49个种.两种养殖模式仿刺参肠道菌群结构存在较大差异,且同一仿刺参肠道各部分之间的菌群结构也存在较大的差异.海上养殖仿刺参的肠道优势菌群为弧菌属（Vibrio）、Formosa属、希瓦氏菌属（Shewanella）,池塘养殖仿刺参的肠道内优势菌群为弧菌属（Vibrio）、芽孢杆菌属（Bacillus）、喜盐芽孢杆菌属（Halobacillus）.两个菌群共有菌株有7个种,存在于在不同的肠道部位.两种养殖模式比较发现池塘养殖仿刺参的肠道菌群的丰富度大于海上吊笼养殖的仿刺参,且池塘养殖仿刺参肠道内芽孢杆菌（Bacillus）等益生菌的占比较高,海上吊笼养殖仿刺参分离得到较多的弧菌属（Vibrio）细菌.本研究可为南方仿刺参人工养殖中潜在益生菌的筛选提供基础资料.